第一組
- 各項傳染病防治 (蟲媒,急慢性傳染病..等)
- 預防接種與指導
- 婦幼及青少年保健（含外籍配偶、家計人口政策、新生兒代謝篩檢、托兒所管理、罕見疾病、發育遲緩）
- 中老人病防治 ( 含糖尿病共同照護網、三高篩檢、腎篩、成人健檢、老人假牙 )
- 癌症防治（含口腔、大腸、子宮頸及乳癌等四癌篩檢）
- 菸害防制戒菸服務及衛教宣導
- 社區( 部落 )健康營造
- 健康促進及職場健康促進
- 長期照護、自殺防治及家暴性妨害
- 轉診及交通補助
- 門診醫療及巡迴醫療
- 緊急災害應變及汛期
- 原住民衛生促進及山地醫療
- IDS與健保申報
- 毒蛇血清
- 緊急醫療( 含救護車管理、CPR、民防 )
第二組
- 醫藥政管理業務
- 藥局及管制藥品管理、藥品調劑、藥物濫用通報
- 食品衛生管理業務及營業衛生管理業務
- 營業衛生管理業務
- 菸害防制（稽查）
- 門診檢驗
- 公共衛生檢驗
- 收發文及檔案管理
- 總務( 採購業務、物品財產管理、職工管理、環境衛生管理、事務管理、公務預算業務 )
- 出納及基金業務
- 死因通報及統計業務
- 人事業務
- 資訊業務
- 政風及研考業務
- 醫學影像照射及PACS傳輸系統
- 為民服務業務
- 防疫物資
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